СПбГУ в третий раз собрал специалистов в области биоинформатики

Задача конференции — собрать на одной площадке людей, которые создают программные продукты для работы с современными биологическими данными, и людей, которым они нужны. В этом году на ее площадке встретились более 100 специалистов в области биоинформатики и алгоритмической биологии.

В этот раз BiATA прошла как ассоциированная конференция VII Съезда Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВоГИС).

Для нас приглашение декана биологического факультета СПбГУ, академика РАН Игоря Тихоновича присоединиться к Съезду ВоГИС является признанием высокого уровня нашей конференции, хотя ей всего два года.

Профессор кафедры цитологии и гистологии Санкт-Петербургского государственного университета, председатель программного комитета конференции, заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус

Бесспорным подтверждением высокого научного уровня конференции является участие в ней ведущих ученых, среди которых микробиолог Роб Найт, профессор Калифорнийского университета в Сан-Диего, соучредитель проекта «Микробиом Земли». «Его ангажируют на научные мероприятия на три года вперед. Однако на BiATA Роб Найт приезжает второй год подряд. Я горжусь этим. Такой известный ученый не поехал бы второй раз туда, где ему не интересно. Четверо ученых, которые не смогли приехать сейчас, уже дали согласие на участие в конференции в следующем, 2020 году. Мы считаем это признанием», — говорит Алла Лапидус.

В этом году большое внимание на конференции уделено продвижению биоинформатики в сельское хозяйство. В связи с этим большая часть докладов посвящена задачам метагеномики, помогающей изучать микробиоту почвы, растений, продуктов питания и человека.

Так, Евгений Андронов из Всероссийского НИИ сельскохозяйственной микробиологии рассказал о том, как можно применять на практике данные по почвенному микробиому. В частности, о том, как использовать «естественную инженерию», обеспечивающую высокую эффективность взаимодействия растений и микроорганизмов.

Одним из докладов секции, посвященной алгоритмам сборки геномов, было выступление Александра Шлемова из Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ о новом инструменте PathRacer. При секвенировании генома молекула ДНК разрезается на множество небольших отрезков, которые потом нужно собрать обратно. Сборка генома — сложный процесс, который никогда не проходит без ошибок. По словам Аллы Лапидус, разработанный университетскими биоинформатиками новый программный продукт PathRacer предлагает новый подход повышения качества сборки и аннотации геномов.

Обычно при секвенировании геном разрезается на очень мелкие части, но есть технологии, позволяющие работать с более крупными фрагментами, что дает возможность снизить число ошибок при сборке генома. Однако при работе с большими участками генома требуются другие математические решения. SPAligner (Saint Petersburg Aligner), о котором рассказал Дмитрий Антипов из Центра алгоритмической биотехлогии СПбГУ, — еще один новый инструмент, позволяющий делать сборку генома более точной, но предназначенный для работы с длинными последовательностями.

Пилар Францино, руководитель направления геномики и здравоохранения FISABIO (Фонд общественного здравоохранения Валенсии по содействию здоровью и биомедицинским исследованиям), в своем выступлении затронула очень интересную тему — как микробиота влияет на течение беременности и что происходит с микрофлорой в первые месяцы жизни ребенка. Как известно, микробиота оказывает колоссальное влияние на здоровье на протяжении всей жизни. Чем больше мы знаем о том, каким образом она формируется и что происходит на самых ранних стадиях ее развития, тем лучше будем понимать, что приводит к тем или иным патологическим состояниям, связанным с нарушениями в составе микрофлоры.