Идея создания музея возникала еще в
Во время эвакуации Университета в годы Великой Отечественной войны, в Саратове, группа историков под руководством декана исторического факультета В. В. Мавродина продолжала работать над историей Университета и собирать материалы для будущего музея. Осенью 1944 года, после возвращения университета из Саратова, была развернута новая большая выставка по истории университета. 13 января 1945 года на совещании деканов всех факультетов и директоров научно-исследовательских институтов ЛГУ было принято решение «реорганизовать выставку в постоянный музей». С тех пор в музее сохраняется, изучается и популяризируется память о трехвековой истории Университета.
В настоящее время в музее истории СПбГУ находится временная экспозиция, которая посвящена основанию Университета в 1724 году и его истории в XIX — начале XX вв.
В конце XIX века популярностью пользовалась наглядность образовательного процесса, поэтому на экспозиции посетители могут увидеть подлинные разборные модели цветов, приборы, препараты, а также механизмы выдающегося ученого П. Л. Чебышева.
На сегодняшний день важным направлением в работе Музея истории СПбГУ является создание новой экспозиции. Музей принимает от универсантов предложения, пожелания, идеи (предложения можно отправлять на электронную почту Музея истории СПбГУ museum@spbu.ru).
На базе Музея истории СПбГУ проходят музейную практику обучающиеся СПбГУ в рамках образовательных программ.
Фонды Музея составляют подлинные документы и фотографии, приборы и учебные пособия, книги, произведения искусства и мемориальные вещи выдающихся ученых, награды и подарки Университету. Фонды делятся по тематическим и функциональным признакам, их особую часть представляют личные фонды, содержащие разнообразный материал о жизни и деятельности крупнейших ученых Университета: М. А. Балугьянского (начала XIX века — это коллекция наиболее ранних подлинных документов, имеющихся в музее), А. А. Иностранцева, Н. И. Кареева, В. А. Фока, А. Н. Теренина, П. И. Лукирского, С. Э. Фриша, Ю. В. Линника, Б. Г. Ананьева, А. А. Ухтомского и многих других.
Фонды Музея истории СПбГУ:
Документы и рукописи (включает фонды «История Университета», «Факультеты и кафедры», «Великая Отечественная война», «Революционное движение»), бытовая коллекция (включает личные фонды профессоров и ученых Университета), Высшие женские курсы, кинофотофононегатека, редкие печатные издания, фалеристика и нумизматика, мебель и декоративно-прикладное искусство, приборы и наглядные пособия, естественно-научная коллекция, подарки и награды СПбГУ.