Создатель программы Consed Дэвид Гордон провел практический семинар для биоинформатиков СПбГУ
В СПбГУ прошел практический семинар, посвященный работе с программой Consed, которая получила широкое применение в биоинформатических исследованиях ученых во всем мире. Слушатели семинара смогли не только познакомиться с подходами и алгоритмами, используемыми в Consed, но и получили практические навыки работы с программой непосредственно от ее разработчика, профессора Дэвида Гордона из Университета Вашингтона (США).
Consed входит в пакет Phred-Phrap-Consed — один из первых и наиболее популярных пакетов программ, используемых для оценки качества, сборки и визуализации данных секвенирования. О том, что можно сделать с помощью этой программы, рассказала ведущий исследователь Центра геномной биоинформатики имени Ф. Г. Добржанского Алла Львовна Лапидус.
Биоинформатика — это наука, которая позволяет анализировать крупные массивы биологических данных. Ее появление обусловлено использованием технологий, связанных с определением первичных структур таких молекул, как ДНК, РНК, белок.
Ведущий исследователь Центра геномной биоинформатики имени Ф. Г. Добржанского Алла Львовна Лапидус
«Но биоинформатика не может существовать без программных продуктов, — объяснила Алла Львовна. — Биологи, как правило, не умеют писать программы, поэтому на помощь приходят люди со знанием математики и компьютерных технологий. Один из крупнейших разработчиков в этой области с более чем 20-летним опытом — Дэвид Гордон. Именно он создал часть Consed пакета программ для анализа геномов Phred-Phrap-Consed. Этот программный продукт позволяет собирать маленькие фрагменты ДНК в геном, визуализировать их, изменять и даже перемещать, чтобы привести в порядок участки, в которых допущены ошибки».
Технологии менялись, так же как и задачи, стоящие перед учеными. Геномные исследования стали более дешевыми и массовыми, во многих странах их уже проводят в обычных клиниках. Поэтому пришлось создавать и новые программы для изучения фрагментов биологически значимых молекул. Программа Consed уникальна тем, что была создана давно и при этом используется учеными все время своего существования.
«Это программное обеспечение не очень популярно в России из-за своей "громоздкости". Но один раз его поняв, человек получает в руки очень мощный аппарат для работы», — уверяет ведущий исследователь Центра геномной биоинформатики.
По словам Аллы Львовны, аудитория семинара — это сотрудники и студенты СПбГУ и Института биоинформатики. Несколько участников, записавшихся на семинар, уже знакомы с программой Consed, но решили воспользоваться возможностью услышать обо всех деталях ее использования непосредственно от создателя.
Практический семинар был организован Центром геномной биоинформатики имени Ф. Г. Добржанского и Институтом биоинформатики при поддержке компаний «Диа-М» и «Хеликон».