Из указа Петра I: Универзитет есть собрание ученых людей, которые наукам высоким, яко феологии и юриспруденции (прав искусству), медицины, филозофии, сиречь до какого состояния оные ныне дошли, младых людей обучают. Академия же есть собрание ученых и искусных людей, которые не токмо сии науки в своем роде, в том градусе, в котором они ныне обретаются, знают, но и чрез новые инвенты (издания) оные совершить и умножить тщатся, а об учении протчих никакого попечения не имеют.
Хотя Академия из тех же наук и тако из тех же членов состоит, из которых и универзитет, однакожде обои сии здания в иных государствах для множества ученых людей, из которых разные собрания сочинить можно, никакого сообщения между собою не имеют, дабы Академия, которая токмо о приведении художеств и наук в лутчее состояние старается, учением в спекуляциях (розмышлениях) и розисканиях своих, отчего как профессоры в универзитетах, так и студенты пользу имеют, помешательства не имела, а универзитет некоторыми остроумными розисканиями и спекуляциями от обучения не отведен был, и тако младые люди оставлены были.
На протяжении трех веков Университет постоянно поддерживает тесную связь и развивает всестороннее сотрудничество с Академией. Среди выдающихся ученых-академиков такие известные универсанты как Леонард Эйлер и Михаил Ломоносов, стоявшие у истоков Академии и Петербургского университета, заложившие основы обучения точным наукам в России.
На сегодняшний день в СПбГУ работают 23 академика РАН, 21 член-корреспондента РАН. Среди сотрудников Университета — 38 лауреатов премий РАН, 11 из которых — молодые ученые.
В 2020 году совместно с Российской академией наук и ее институтами было проведено 9 научно-исследовательских работ, подготовлено более 1300 совместных публикаций, проведено 11 совместных крупных научных мероприятий.