Лаборатория теории ядра и элементарных частиц имени В. А. Фока была изначально учреждена в 1987 году под руководством А. А. Андрианова и до 2010 года являлась структурной единицей в НИИ физики имени В. А. Фока СПбГУ. В 2020 году Лаборатория была воссоздана в новом качестве, как отдельное структурное подразделение и партнер Лаборатории теоретической физики имени Н. Н. Боголюбова в ОИЯИ.
Основная деятельность лаборатории — исследования в области физики элементарных частиц, квантовой теории поля и в смежных областях, подготовка кадров, а также координация научной деятельности по программе долгосрочного сотрудничества СПбГУ и ОИЯИ (научная программа Фок-Боголюбов). Совместно подразделения образуют Институт Фока-Боголюбова, целью которого, сформулированной в рамках выполнения Национального проекта «Наука», является объединение научного потенциала физиков-теоретиков из СПбГУ и ОИЯИ для решения фундаментальных научных задач. К ним, в частности, относятся теоретические разработки для сети уникальных научных установок класса «Мегасайенс», прежде всего, для физической программы ускорительного комплекса NICA в ОИЯИ, предназначенного для исследования фундаментальных свойств сверхплотной кварк-адронной материи.
В рамках сотрудничества с лабораторией ведется широкий спектр исследований в области современной теоретической физики и ее приложений.