Санкт-Петербургский государственный университет

St. Petersburg University

В СПбГУ прошел практический семинар, посвященный работе с программой Consed, которая получила широкое применение в биоинформатических исследованиях ученых во всем мире. Слушатели семинара смогли не только познакомиться с подходами и алгоритмами, используемыми в Consed, но и получили практические навыки работы с программой непосредственно от ее разработчика, профессора Дэвида Гордона из Университета Вашингтона (США).

Consed входит в пакет Phred-Phrap-Consed — один из первых и наиболее популярных пакетов программ, используемых для оценки качества, сборки и визуализации данных секвенирования. О том, что можно сделать с помощью этой программы, рассказала ведущий исследователь Центра геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского Алла Львовна Лапидус. «Биоинформатика — это наука, которая позволяет анализировать крупные массивы биологических данных. Ее появление обусловлено использованием технологий, связанных с определением первичных структур таких молекул, как ДНК, РНК, белок, — объяснила Алла Львовна. — Но биоинформатика не может существовать без программных продуктов. Биологи, как правило, не умеют писать программы, поэтому на помощь приходят люди со знанием математики и компьютерных технологий. Один из крупнейших разработчиков в этой области с более чем 20-летним опытом — Дэвид Гордон. Именно он создал часть Consed пакета программ для анализа геномов Phred-Phrap-Consed. Этот программный продукт позволяет собирать маленькие фрагменты ДНК в геном, визуализировать их, изменять и даже перемещать, чтобы привести в порядок участки, в которых допущены ошибки».

Технологии менялись, так же как и задачи, стоящие перед учеными. Геномные исследования стали более дешевыми и массовыми, во многих странах их уже проводят в обычных клиниках. Поэтому пришлось создавать и новые программы для изучения фрагментов биологически значимых молекул. Программа Consed уникальна тем, что была создана давно и при этом используется учеными все время своего существования.

«Это программное обеспечение не очень популярно в России из-за своей „громоздкости“. Но один раз его поняв, человек получает в руки очень мощный аппарат для работы», — уверяет ведущий исследователь Центра геномной биоинформатики.

По словам Аллы Львовны, аудитория семинара — это сотрудники и студенты СПбГУ и Института биоинформатики. Несколько участников, записавшихся на семинар, уже знакомы с программой Consed, но решили воспользоваться возможностью услышать обо всех деталях ее использования непосредственно от создателя.

Практический семинар был организован Центром геномной биоинформатики им. Ф. Г. Добржанского и Институтом биоинформатики при поддержке компаний «ДИА-М» и «Хеликон».

 

 

 

Ответственный за содержание: Елена Александровна Осиновская, редактор сайта, 8 (812) 3280162, Этот адрес электронной почты защищён от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.