Работа МЦМУ имени Эйлера осуществляется на базе двух организаций, а именно Санкт-Петербургского отделения математического института имени В. А. Стеклова российской академии наук и Санкт-Петербургского государственного университета при координации СПбГУ.
Цель
Создание современного научного комплекса, осуществляющего фундаментальные научные исследования и разработки, направленные на решение актуальных проблем математики, смежных дисциплин и их приложений в соответствии с национальными целями и стратегическими задачами развития Российской Федерации на период до 2024 года (Указ Президента Российской Федерации от 07 мая 2018 г. № 204, национальный проект «Наука») и Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации (Указ Президента Российской Федерации от 1 декабря 2016 года № 642).